член Собора по избранию, клирик от Владивостокской епархии.
Родился 15 апреля 1881 г. в поселке Богословский Завод Верхотурского уезда Пермской губернии в семье псаломщика. Окончил Екатеринбургское духовное училище в 1897 г., Пермскую духовную семинарию в 1904 г., один курс медицинского факультета Томского университета в 1906 г. С 1906 г. псаломщик в храме Верхне-Салдинского Завода Верхотурского уезда, затем священник в кладбищенском храме Каменского Завода и в храме села Краснослободского. Окончил три курса Казанской духовной академии в 1910 г. С 1908 г. благочинный второго округа Ирбитского уезда, настоятель Казанско-Богородицкого походного храма Верхотурского уезда. С 1909 г. священник в Екатерининском соборе, затем в Богоявленском кафедральном соборе Екатеринбурга, лектор на народных чтениях, член земского собрания, законоучитель в Вознесенском мужском училище, катехизатор по городскому благочинию, член епархиального ревизионного комитета и Екатеринбургского комитета Православного миссионерского общества, руководитель архиерейского хора. С 1915 г. священник в храме Главного штаба Владивостокской крепости. Был женат, имел сына.
Участвовал в заседаниях первой и второй сессий Собора. Член подотдела о богослужебном языке.
Осенью 1918 г. служил в храме Верхне-Салдинского Завода Верхотурского уезда. В 1922 г. член Приамурского Земского Собора, с осени 1922 г. в эмиграции, ключарь Никольского собора в Харбине, с 1923 г. протоиерей, в 1925 г. лектор по сектоведению на миссионерских курсах, в 1927 г. окончил Харбинский юридический факультет, кандидат богословия, в 1927–1941 гг. епархиальный миссионер, с 1928 г. инспектор Высших богословских курсов, в 1934 гг. один из инициаторов открытия в Харбине Института св. Владимира, до 1945 гг. доцент его богословского факультета по кафедре истории раскола и сектоведения, автор пособия по основам православия для Организации русских юных разведчиков, в 1938 г. член Второго Всезарубежного Собора РПЦЗ, в 1939–1945 гг. ректор Харбинской духовной семинарии, священник в Свято-Алексеевском храме в Модягоу. В 1945 г. отверг предложение воссоединиться с Московским Патриархатом, настоятель Благовещенского храма на Пристани, затем в селе Драгоценке (казачьем центре Трехречья), в 1948 г. переехал в Шанхай, в 1949 г. эвакуирован на филиппинский остров Тубабао. С 1951 г. настоятель домового храма русской школы «Пробуждение» в городе Шалифер под Парижем, с 1957 г. вел миссионерские беседы в парижском храме Всех святых в Земле Российской просиявших, награжден митрой, с 1961 г. член епархиального совета Западно-Европейской епархии РПЦЗ, с 1964 г. на покое в интернате для престарелых русских эмигрантов. Скончался 21 июля 1967 в Ганьи, Франция, провинция Сена-Сен-Дени, похоронен на местном кладбище.
Источники: Государственный архив Хабаровского края. Р-830. Оп. 1. Д. 38108; Екатеринбургские ЕВ. 1906. № 22; 1915. № 5; Владивостокские ЕВ. 1917. № 15/16. С. 401; № 17/18. С. 628; Вера и жизнь. 1925. № 4. С. 94; Четверть века служения. Юбилей прот. А. Пономарёва; Письмо митр. Антония (Храповицкого) // Хлеб небесный. 1932. № 2, 7; Благовещенский И. Протоиерей А. Пономарёв. К 35-летию священнослужения // Хлеб небесный. 1941. № 9/10; Сумароков Е. Харбинская епархия в прошлом и настоящем // Хлеб небесный. 1942. №. 5; Сигида Н. Маленький юбилей большого русского человека // Православная Русь. 1956. №. 23; Пономарёв Н., протопр. Памяти большого священнослужителя митрофорного протоиерея отца Аристарха Пономарёва // Русская жизнь. 1967. 27 июля; Русская мысль. 1968. 18 января; Полански П. Русская печать в Китае, Японии и Корее. М., 2002. С. 130; Нивьер А. Православные священнослужители, богословы и церковные деятели русской эмиграции в Западной и Центральной Европе. 1920–1995. М., 2007. С. 374–375; Сухарев Ю. Жизнеописание митрофорного протоиерея Аристарха Рафаиловича Пономарёва // Православие на Урале: вехи истории. Материалы Межрегиональной научно-практической конференции. Екатеринбург, 2012.